Das Archäologische Museum von Heraklion ist das Museum, in dem die minoische Zivilisation fast vollständig präsentiert wird. Es ist eines der größten und bemerkenswertesten Museen Griechenlands und eines der bedeutendsten Europas.
Zu den Exponaten zählen repräsentative Beispiele aus allen Epochen der kretischen Vorgeschichte und Geschichte, die einen Zeitraum von etwa 5.500 Jahren abdecken, von der Jungsteinzeit bis zur Römerzeit. Die einzigartigen Meisterwerke der minoischen Kunst nehmen in seinen Sammlungen eine dominierende Stellung ein. Die Sammlung minoischer Altertümer ist die bedeutendste der Welt und das Museum gilt als das herausragendste Museum der minoischen Zivilisation.
Die erste archäologische Sammlung in Heraklion wurde 1883 angelegt. Im Jahr 1900 war sie in zwei Räumen im Hof der Kathedrale von Agios Minas untergebracht. Mit dem Beginn der großen Ausgrabungen auf Kreta wurden hier die ersten bedeutenden Funde gemacht, gleichzeitig wurde es aber an den kretischen Staat abgetreten.
In den Jahren 1904–1907 wurde der erste Museumssaal errichtet, und 1908 wurden nach dem Anbau eines zweiten Saals die Antiquitäten dorthin überführt.
Mit dem Bau des heutigen Gebäudes wurde 1937 nach den Entwürfen von Patroklos Karantinos begonnen.
Im Jahr 1979 protestierten 35.000 Einwohner von Heraklion gegen den Export von Antiquitäten aus dem Archäologischen Museum im Rahmen des Kulturaustauschs. Letztlich machte die Regierung einen Rückzieher und die Pläne wurden nicht umgesetzt.
Von November 2006 bis Anfang 2014 blieb das Museum aufgrund von Renovierungsarbeiten im Inneren für die Öffentlichkeit geschlossen. In einem eigens dafür eingerichteten Raum an der Nordseite des Museums war eine kleine Wechselausstellung mit den wichtigsten Exponaten des Museums zu sehen. Seit März 2014 ist das renovierte Museum nun vollständig für die Öffentlichkeit zugänglich und beeindruckender denn je.